Le pont de Collonges a été mis à rude épreuve au cours de son histoire. D’abord, le chantier a été menacé par guerre franco-prussienne de 1870.
Alors que l’armée française de l’Est, sous le commandement du Général Bourbaki, battait en retraite, face à l’armée prussienne, le gouverneur militaire de Lyon donna l’ordre d’incendier l’échafaudage du chantier.
Le maire de Vulbens, Bernard Gay, préféra attendre, avant d’obéir, et les troupes prussiennes se dirigèrent vers Paris, après le repli des soldats français en Suisse.
Par la suite, en 1883, moins d’une dizaine d’années après son achèvement, le pont faillit être submergé par le Rhône. Le 3 janvier 1883, plus de 500 000 m3 de pierre et de terre se détachèrent de la rive droite du Rhône, en amont du Fort l’Ecluse.
L’éboulement forma un embâcle qui bloqua le débit du fleuve et provoqua la formation d’un lac. Plusieurs moulins et le hameau de Cologny, en Haute-Savoie, furent ennoyés. A son plus haut niveau, le Rhône se stabilisa à seulement 3 mètres en dessous de la clef de voûte du pont. Une cote bien plus importante que celle qu’adopta le fleuve, après la mise en eau du barrage de Génissiat, en 1948.
Le pont de Collonges fut, par ailleurs, le seul pont sur le Rhône, de la région, qui ne fut pas détruit par l’armée française, en juin 1940, pour stopper l’avancée de l’armée allemande et empêcher sa jonction avec l’armée italienne.
Les ponts et passerelles de Grésin, Lucey et Arlod furent dynamités.